Năm 2011, cựu nhân viên 58 tuổi của Sony, Seijiro Tomita, đã kiện Nintendo vì vi phạm bằng sáng chế trên màn hình 3D làm giảm sự cần thiết phải đeo kính 3D. Vào ngày 13 tháng 3 năm 2013, một trọng tài liên bang Mỹ đã yêu cầu Nintendo trả cho anh ta thiệt hại 30,2 triệu USD. Tuy nhiên, vào ngày 7 tháng 8 năm 2013, số tiền đó đã giảm 50% xuống còn 15,1 triệu đô la vì con số ban đầu là, theo thẩm phán Jed Rakoff, một thẩm phán liên bang, "về bản chất là quá đáng" và "không được hỗ trợ bởi các bằng chứng được trình bày tại phiên toà." Ông nói thêm rằng khi ban đầu được đệ trình vào năm 2011, 3DS không mang lại lợi nhuận. Nintendo đã kháng cáo không thành công. Vào ngày 11 tháng 12 năm 2013, Judge Rakoff quyết định rằng Nintendo phải trả 1,82% giá bán buôn của mỗi chiếc bán được, cho Tomita.

Vào ngày 17 tháng 7 năm 2015, Nintendo đã giành được một bằng sáng chế choi tám máy chơi game cầm tay của mình, bao gồm cả 3DS. Ban đầu được đệ trình bởi Nhóm nghiên cứu Quintal sau khi nó bảo đảm bằng sáng chế cho một "hệ thống truy xuất thông tin trên máy vi tính" vào năm 2008. Vào ngày 17 tháng 3 năm 2018, Tòa phúc thẩm Mỹ xác định Nintendo đã không vi phạm bằng sáng chế của Tomita.